Что расскажут генетики об истории вымершего тонкоклювого кроншнепа
Можно ли анализировать ДНК у вымерших организмов? Современные методы молекулярной генетики это позволяют. Возможность экстрагировать ДНК из музейных экспонатов, дает возможность узнать много нового об организмах, некогда населявших нашу планету и об их эволюции. В числе таких методов - высокопроизводительное секвенирование ДНК. Коллектив исследователей из центра «Биоинженерия» РАН, Курчатовского института и из Зоомузея МГУ им. М.В. Ломоносова секвенировали митохондриальный геном тонкоклювого кроншнепа (Numenius tenuirostris).
История этого вида оборвалась совсем недавно – в начале XXI века, и причины пока остаются неясными. Некогда эти птицы гнездились на обширных территориях Евразии, перелетали на зимовку на юг Европы, в Малую Азию и в Северную Африку. Последняя достоверная информация о встрече этого вида датируется 2001 годом. Считается, что к настоящему времени этот кроншнеп исчез. В надежде, что тонкоклювый кроншнеп еще сохранился где-то в потайных местах нашей планеты, Союз охраны птиц России поместил его на своей эмблеме.
Генетики определили полную последовательность нуклеотидов в митохондриальной ДНК из музейных образцов. У этого вида птиц кольцевая молекула ДНК, которая содержится в крошечных органеллах клеток - митохондриях, состоит из 16 705 пар нуклеотидов и содержит 13 генов, кодирующих белки, два гена рибосомальной РНК и 22 гена транспортной РНК. Сравнив у разных видов кроншнепов последовательность неклеотидов в одном из генов - гене фермента цитохром-оксидазы, который обычно используют для определения разных видов, ученые выяснили что тонкоклювый кроншнеп имел тесную генетическую связь с большим кроншнепом (N. arquata), обитающим в Европе и Азии, с дальневосточным кроншнепом (N. madagascariensis) и с американским длинноклювым кроншнепом (N. americanus). Все виды кроншнепов находятся под угрозой, но эти три вида еще встречаются в природе.
Кроме того, выяснилось, что род "кроншнеп" генетически далек от других представителей семейства бекасовых, к которому он относится.
Эта работа – первый шаг к тому, чтобы восстановить демографическую историю тонкоклювых кроншнепов по образцам из различных точек его некогда обширного ареала на основании анализа изменчивости митохондриальных и ядерных геномов. Вместе с данными по палеонтологии, геологии, климатологии, геномика поможет выяснить время начала сокращения популяции тонкоклювого кроншнепа и возможные причины его.
Результаты этого исследования опубликованы в журнале Mitochondrial DNA в статье:
Sharko F.S., Boulygina E.S., Rastorguev S.M., S.V. Tsygankova, P.S. Tomkovich & A.V. Nedoluzhko. Phylogenetic position of the presumably extinct slender-billed curlew, Numenius tenuirostris // Mitochondrial DNA Part A, Volume 30, 2019 - Issue 4, p. 626-631. DOI